En el año de 1980 se crea la extensión del colegio Mixto San Felipe Neri de Ipiales, con el nombre de Colegio Mixto de Enseñanza Media San Juan en el corregimiento del mismo nombre, siendo Rector de la institución ipialita el Pbro. Pablo Gonzalo Mejía; con el empeño del licenciado Luis Hernán Huertas Zura quien trabajaba como docente en el colegio Neriano y los señores José Salvador Yamá quien fuera presidente de la Junta de Acción Comunal, Luis Hernando Huertas Flórez, inspector de Policía, y los residentes de San Juan, Luis Maya, Edmundo Huertas y Félix Mallama gestionaron para que este proyecto educativo sea una realidad.Dos años después se organiza la Junta pro Colegio integrada por Luis Maya, Edmundo Huertas, Bertha Peñafiel, Georgina Valenzuela y Olga Caipe quienes con la ayuda de los Diputados Mayor Luis Bermúdez, José González y Raúl Bustos, en Noviembre 4 de 1982, mediante la ordenanza No. 16 de la Honorable Asamblea departamental de Nariño se crea el “Colegio Departamental Mixto de Enseñanza Media San Juan” nombrándose como primer rector al Licenciado José Enrique Obando.En 1983 según resolución No. 052 del 27 de abril se da licencia de funcionamiento para los grados 6º a 9º de Enseñanza Básica Secundaria; en 1984, según resolución No.197 de octubre 11 se amplía la licencia de funcionamiento para los grados 10º y 11º de Enseñanza Media Vocacional; y por nuevas disposiciones de la ley 715 de 2001, el Colegio Mixto de Enseñanza Media San Juan es fusionado con la Escuela Rural Mixta San Juan y el Preescolar Mis Amiguitos, mediante Resolución No. 355 de abril 21 de 2003 emanada del Gobierno Departamental de Nariño; así mismo, en este Acto Administrativo se asocian los Centros Educativos: Yanalá, Loma de Zuras, Camellones y el Rosal de San Juan Tomando como nueva razón social “Institución Educativa San Juan”.La primera promoción de bachilleres se realiza el 18 de Julio de 1986 según acta No. 001 concediendo el título a 15 estudiantes de la región. Desde ese año y hasta la fecha se han realizado 24 graduaciones para un total 548 Bachilleres Académicos, muchos de los cuales se ha profesionalizado y otros desde sus familias están contribuyendo al desarrollo de la región y del País.